在第一季結尾中，Jaha自愿留在太空中，換來方舟部分人成功降落到地球上的好消息。但百子們卻在成功引爆駐地打敗地表人后，被抓到氣象山的隔離區中……Bellamy和Finn也在與地表人的打斗中生死未卜。
　　而這一季的故事就從氣象山、原方舟人和其他地球人種展開來。