故事發生在明朝萬歷年間，德高望重受人敬仰的楚留香來到云來客棧，尋找天下第一美女魚尺素，同在客棧的還有身為各門派幫主的左又錚、西門千，以及龜茲王爺扎木合等人。災難忽然降臨，客棧的一干人等均因為中了“天一神水”的毒而不治身亡。神水宮的宮南燕指認楚留香是幕后黑手。為了洗清身上的不白之冤，為魚尺素報仇，楚留香開始調查事件的真相。